21 марта 2014 года в рамках ежегодного расширенного заседания совета Федерального агентства морского и речного транспорта были подведены итоги конкурса «Лидер отрасли».

Ежегодный конкурс проводится среди подведомственных учреждений Росморречфлоту и коммерческих организаций морского и речного транспорта. Конкурс призван способствовать выполнению социально-экономических задач, направленных на повышение престижа морского и речного транспорта России, популяризации его достижений, и проводится в семи номинациях:

- Лучшая Администрация морского порта;

- Лучшее Государственное бассейновое управление водных путей и судоходства;

- Лучшее учебное заведение отрасли; Лучшее Федеральное государственное унитарное предприятие отрасли;

- Лучшая судоходная компания;

- Лучшая стивидорная компания;

- Лучшее судостроительное и судоремонтное предприятие отрасли.

ОАО «Московский судостроительный и судоремонтный завод» по заключению экспертной комиссии Росморречфлота уже второй год подряд было признано победителем в номинации «Лучшее судостроительное и судоремонтное предприятие отрасли». На церемонии награждения заместитель министра транспорта РФ  Виктор Олерский вручил генеральному директору ОАО «МССЗ» Немчину В.В. Вымпел «Лидер Отрасли» и поздравил с заслуженной победой в номинации. Объем производства завода в 2013 году по сравнению с 2012 годом вырос в полтора раза.

В 2013 году МССЗ построил и передал предприятиям отрасли 28 судов различного назначения. Все без исключения заказы были выполнены точно в обозначенный контрактом срок. При этом представители предприятий, экипажи, отмечают высокий уровень качества судов, отличные условия проживания для членов экипажа, высокую степень автоматизации и технологического оснащения судов. Стоит отметить, что ни одно другое предприятие России не поставило в 2013 году морскому и речному флоту России большего количества судов.

ОАО «МССЗ» впервые применило инновационную схему по организации строительства технического и военного флота непосредственно в бассейнах рек, где эти суда будут эксплуатироваться. Для снижения непроизводительных и транспортных издержек, что позволило существенно снизить для бюджета стоимость технических судов, МССЗ организовал производство и сборку обстановочных судов в Благовещенске (река Амур), Жигалово (река Лена), пос. Самусь (река Обь). Аналогичная схема применена при строительстве серии водолазных катеров для нужд ВМФ РФ.

На Московском судостроительном и судоремонтном заводе размещено три четверти от всего объема заказов на строительство обстановочных судов (проектов 3050, 3050.1 и 3052), предусмотренных в рамках подпрограммы «Внутренний водный транспорт» ФЦП ««Развитие транспортной системы России на период 2010-2015 гг.».

В 2013 году для внутренних водных бассейнов было передано в эксплуатацию 20 единиц обстановочных судов: 11 единиц проекта 3050; 9 судов проекта 3050.1.

В конце декабря 2013 года завод выполнил сложнейших заказ ФГУП «Росморпорт» на строительство рабочего катера с функциями служебно-разъездного катера проекта WB22MT для порта Сочи. Катер был построен в рекордно короткий срок – всего за 5 месяцев со дня подписания государственного контракта.

В декабре 2013 года Зеленодольское ПКБ принял в эксплуатацию катер нового поколения РТ14МТ оснащенный уникально пропульсивной системой IPS-450.

Точно в срок были сданы в эксплуатацию: пассажирское судно озерного класса с усиленным ледовым поясом для озера Селигер и речное грузопассажирское судно для проведений испытаний самоходных, буксируемых и радиоуправляемых моделей для ОАО «Зеленодольское ПКБ».

В ноябре 2013 года было начато строительство 3 единиц пассажирских судов проекта «Пилигрим» для городских и пригородных перевозок на линиях Астраханской области.

Для нужд ВМФ РФ точно в срок построены и сданы 4 ботовых катера проекта 21770 шифр «Катран».

В 2013 году на МССЗ начато строительство серии из трех единиц водолазных катеров проекта 14157 для нужд Военно-Морского Флота РФ.

В октябре 2013 года было официально объявлено о передаче ООО «Верфь братьев Нобель» (г.Рыбинск) под управление Московского судостроительного и судоремонтного завода. Это было вызвано необходимостью увеличения производственных мощностей МССЗ для исполнения портфеля заказов 2013-2016 гг. и устранения имеющихся технологических ограничений по длине и весу строящихся судов на промышленной площадке в г. Москве.