К такому заключению пришли авторы отчет Счетной  палаты РФ о результатах проверки использования бюджетных ассигнований, направленных в 2015 г. и истекшем периоде 2016 г. на реализацию мероприятий подпрограммы «Морской транспорт» ФЦП «Развитие транспортной системы России (2010-2020 гг.)».

С 2008 г. по госконтракту с ФГУП «Росморпорт» дноуглубительные работы для формирования акватории базы обеспечивающего флота в южном районе морского транспортного порта Усть-Луга проводились ООО «Северная дноуглубительная компания». В 2015-2016 гг. работы так и не были завершены, а ООО «Северная дноуглубительная компания» было признано банкротом. В настоящее время ФГУП «Росмортпорт» в судебном порядке пытается взыскать суммы просроченной дебиторской задолженности в размере 76,9 млн руб.

На заседании Коллегии так же было отмечено, что объем бюджетного финансирования подпрограммы «Морской транспорт» ФЦП «Развитие транспортной системы России (2010-2020 гг.)» в 2015 г. составил 27,9 млрд руб. Объем привлеченных внебюджетных средств по подпрограмме составил 51 млрд руб., или 60% от запланированного. При этом значения 5 из 6 целевых показателей и индикаторов реализации подпрограммы в 2015 г. достигнуты не были. К примеру, пополнение транспортного флота России в 2015 г. составило 215 100 дедвейт-тонн при установленном подпрограммой значении 652 400 дедвейт-тонн; прирост производственной мощности российских портов составил 23 млн тонн в год при установленном значении 30 млн тонн в год.