Основное направление грузоперевозок  по  водным путям  Барнаульского филиала осуществляется на участках рек Катунь (плес:БГПК-устье), Бия (плес:Порт-устье) и Обь (плес:слияние-Камень).   Главный вид  перевозок  это минерально-строительные  грузы.  

Заключенное в 2015 г. Администрацией пилотное Соглашение о сотрудничестве в сфере реализации проекта развития инфраструктуры внутреннего водного транспорта в границах Алтайского края, позволило выдержать повышенные габариты пути и с 2015 по 2019 годы переориентировать с автомобильного на внутренний водный транспорт в общей сложности 3 млн. 423 тыс. тонн грузов. 

Организованная работа позволяет развивать береговую инфраструктуру, так за счет частных инвестиций в 2016 году проведена работа по развитию порта Восточный в г. Барнауле: выполнен ремонт автодороги, обеспечивающей подъезд к порту, восстановлены три крана для разгрузки барж, подкрановые пути и весовое хозяйство. Дополнительно восстановлена перевалка грузов с внутреннего водного транспорта в Усть-Пристанском, Калманском, Шелаболихинском районах, что позволило снизить нагрузку на сеть дорог федерального и регионального значения протяженностью порядка 775 км на участках (БГПК-г. Барнаул, г. Барнаул-г. Камень-на-Оби, г. Барнаул-г. Рубцовск – гр. Республики Казахстан) и продлить срок ее эксплуатации.

В целях развития общей транспортной инфраструктуры внутренних водных путей в границах Обского бассейна на территории Алтайского края, увеличения грузопотока на внутренних водных путях, а также сохранности автомобильных дорог региона реализация соглашения продолжается в 2020 году.

Основными перевозчиками являются  ООО "Грузовой терминал Обь",  ООО "Бийский речной порт" и в  рамках внебюджетной деятельности грузоперевозки осуществляет Барнаульский РВПиС.