Переоборудование был выполнено «Ремонтной базой флота имени Куйбышева» (Татарстан). Проект переоборудования «Ленанефти 2039» разработан Морским Инженерным Бюро и включает установки конструкции второго дна в грузовой зоне для обеспечения выполнения требований Правила 21 МК МАРПОЛ 73/78 (судно в исходном состоянии не имело второго дна) и организации в средней части двух дополнительных грузовых танков, используемых также в качестве отстойных, вместо существующего сухого отсека. Помимо корпусных работ модернизации подверглись грузовая и балластно-осушительная системы.

После переоборудования судно «Ленанефть 2039» получило двойной корпус (двойное дно и двойные борта) по всей длине грузового пространства. Требования Правил РРР к остойчивости поврежденного судна выполняются при расположении бортовых и днищевых повреждений в любом месте по длине судна между соседними поперечными переборками.

Во все вновь образованные грузовые (отстойные) танки проведены газоотводные трубы с дыхательными клапанами и огнепреградителями, трубопроводами и арматурой системы мойки танков, трубопроводами и арматурой грузовой и зачистной систем. Эти же танки оборудованы закрытой системой замера уровня груза, замеры выполняются переносным уровнемером типа HERMetic UTI.

Балластно-осушительная система была дооборудована трубопроводами и арматурой в соответствии с новым расположением балластных танков. Во все вновь образованные балластные танки проведены измерительные трубы с футштоками и палубными втулками, а также новые воздушные трубы с воздушными головками с поплавками и предохранительными сетками. Нижние концы измерительных труб снабжены утолщенными донышками.

Все вновь образованные отсеки двойного дна, грузовые (отстойные танки) оборудованы закрытиями, трапами и моечными горловинами (грузовые танки).
После переоборудования судно «Ленанефть 2039» получило двойной корпус (двойное дно и двойные борта) по всей длине грузового пространства. Требования Правил РРР к остойчивости поврежденного судна выполняются при расположении бортовых и днищевых повреждений в любом месте по длине судна между соседними поперечными переборками.

Габаритные размеры судна - длина х ширина х высота борта 108,6 x 14,80 x 4,40.

Дедвейт судна после модернизации - 2127 тонн при осадке 2,5 м. Вместимость грузовых танков (включая отстойные танки) - 2855 куб.м.

Отсеки второго дна используются в качестве балластных цистерн. Вместимость балластных танков - 1453 куб.м. Осадка судна в балласте - около 2,07 м.